【项目介绍】 测序数据中遗传变异信息快速识别方法、器件及其应用

2018-08-24 18:35:11|来源:中央广电总台国际在线|编辑:李妍|责编:赵滢溪

  本项目开发基于逻辑电路的DNA序列比对器件,构建异构计算环境,实现高通量测序数据的快速比对功能。具体地,利用FPGA中的专用计算单元,构建专用逻辑电路,设计并实现并行的序列比对,利用哈希索引算法实现种子序列定位算法,通过USB接口和PCIE接口同计算机进行高速通讯,实现高速的序列比对,生成标准格式的BAM文件。

  该器件能够实现低成本、低功耗、高效率的序列比对,大大加快比对速度。普通计算机通过使用本器件,能形成异构计算体系,进而实现传统上需要服务器才能实现的序列比对功能。多态性位点检测、基因变异研究等众多领域的应用,能通过使用本器件提升数据分析性能,可广泛用于大规模测序数据的比对分析,从而替代高性能计算机在生物数据分析中的应用。

  本项目还将建立分子特征的快速识别方案和软件系统,从DNA测试数据中识别遗传信息变异、差异表达基因、表观遗传学变化等,快速准确识别常见及罕见遗传差异,确认遗传差异位点的功能。通过同时使用比对器件和遗传差异位点识别方案,构建基于云平台的专业化生物医学数据分析。

  本项目涉及的产品和服务将主要针对快速的疾病基因检测和诊断。(来源:陕西省科技协会)

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